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RNA轉(zhuǎn)錄的實驗方法選擇和步驟
發(fā)布時間: 2021-08-27 點擊次數(shù): 1515次正規(guī)化管理的實驗室都會給新人進行相關(guān)技能體系的培訓,但是被老板散養(yǎng)的研究僧或者無奈從 0 開始做科研的臨床醫(yī)生也不在少數(shù)。他們在初始接觸分子實驗時,手持《現(xiàn)代分子生物學實驗指導》這本寶典,很容易被五花繚亂的實驗方法亂了陣腳······
連轉(zhuǎn)錄和反轉(zhuǎn)錄都不太搞得清楚的科研新人如何根據(jù)自己的實際情況各取所需呢?首先,明確自己的定位,你目前要解決的是單個問題而不是一口吃成一個大胖子,然后關(guān)鍵是明確實驗對象和實驗目的。
舉個栗子,現(xiàn)在手頭上的樣本是某個類型腫瘤臨床患者切除的組織,目的是檢測這些樣本與正常組織樣本中幾個“明星分子(如 P53 等與癌癥密切相關(guān)的分子)"是不是有差異表達,該怎么做?
1.明確自己最后一步實驗是什么
根據(jù)實驗目的,最后一步的實驗其實已經(jīng)確定了,就是從分子層面比較不同樣本中幾個基因的表達,但是分子層面可以是 RNA 轉(zhuǎn)錄水平,也可以是蛋白質(zhì)表達水平。作為新人,自然選擇前者,因為經(jīng)打聽和查資料后我發(fā)現(xiàn),RNA 轉(zhuǎn)錄使用實時熒光定量 PCR(qPCR)方法就好,容易上手出結(jié)果快,而對比蛋白質(zhì)表達水平的 Western Blot(WB),在抗體成本和摸索實驗體系的時間成本上都不合算(當然,很多實驗中如果 RNA 轉(zhuǎn)錄水平出現(xiàn)差異,還是很有必要在蛋白水平進行驗證的)。
所謂 qPCR 技術(shù),是指在 PCR 反應體系中加入熒光基團,利用熒光信號積累實時監(jiān)測整個 PCR 進程,最后通過標準曲線對未知模板進行定量分析的方法。該技術(shù)實現(xiàn)了 PCR 從定性到定量的飛躍,它以其特異性強、靈敏度高、重復性好、定量準確、速度快、全封閉反應等優(yōu)點成為了分子生物學研究中的重要工具。
2.找出所有涉及到的分子實驗
從最后一步實驗往前推,qPCR 需要哪些基本的元素?具體如下:
*qPCR 的模板→當然不能直接用腫瘤組織和正常組織→查資料發(fā)現(xiàn)模板是 cDNA→怎么制備 cDNA?→提取所有組織樣本的 RNA 進行反轉(zhuǎn)錄(逆轉(zhuǎn)錄-聚合酶鏈式反應,RT-PCR)→我需要 RNA 抽提試劑盒和反轉(zhuǎn)錄試劑盒→完成 RNA 的提取和 cDNA 的合成(放心,試劑盒里都會有非常具體的操作說明書,但是自己要多查資料了解原理,不然你和流水線操作員何異?)
*qPCR 的引物→根據(jù)已經(jīng)確定的分子自己使用引物設(shè)計軟件設(shè)計或者查找文獻找到經(jīng)過驗證的引物,不要忘了 GAPDH 或者其他內(nèi)參的引物
*SYBR® GREEN→商業(yè)試劑盒
*酶→包含在 SYBR® GREEN 試劑盒中
*RNase-free H2O→一般在 SYBR® GREEN 中會有對應的 H2O,小伙伴們千萬不要使用正常 PCR 中使用的高溫滅菌 H2O,否則溶解曲線讓你分分鐘想撞墻。
3.Just do it
根據(jù) SYBR® GREEN 試劑盒說明書中的體系要求完成實驗操作(冰上操作)和對 qPCR 儀器的設(shè)置,具體儀器的使用方法一定要多多問別人。